Cuenta con la presencia de diferentes instituciones gubernamentales trabajando para lograr el desarrollo del municipio:

• Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social,  el cual está representado según organización funcional como Distrito de Salud y este cuenta con un     con 1 Centro de Atención Permanente que lo caracteriza como prestación de servicios las 24 horas los 7 días de la semana ubicado en el casco urbano,  1 Puesto de Salud ubicado en la comunidad de San Pedro  y una Prestadora de Servicios de Salud ADECI que tiene la cobertura de 22 comunidades. El  total de personal es de 31 entre médicos, enfermeras profesionales, auxiliares de enfermería, inspector de saneamiento, secretaría y operativos en CAP y Puesto de salud  y 3 en ADECI, más el personal voluntario  29 Comadronas y 41 Promotores de Salud.
• Ministerio de Educación, contando con una oficina de supervisión y 89 establecimientos educativos públicos y privados de nivel pre -primario (n=27), primaria (n= 46), básico ( n= 9 ) y diversificado (n=7), y con un total de servidores públicos de  1 supervisora, 1 secretaria, 55 directores y 250 maestros.
• Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación,  cuenta con una oficina local y está representado por un Jefe técnico, 2 extensionistas agrícolas y una educadora para el hogar.
• Ministerio de Ambiente y Recursos  Naturales.
• Policía Nacional Civil- PNC- con sub estación con 1 subinspector y 11 agentes.
•  Ministerio de desarrollo social (MIDES) que tiene cobertura en todas las comunidades y caseríos,  y  cuenta con 1 delegado municipal y 2 facilitadores. 

• Registro Nacional de Personas (RENAP), cuenta con 5 personas locales (Registradora civil, auxiliar de registro I y II, enrolador y seguridad.

•  Secretaría de Seguridad Alimentaria y Nutricional (SESAN), con un monitor que cubre 3 municipios, visitando los días martes y miércoles Conguaco.

• Organización Municipal de la Mujer (OMM)  que coordina con la Secretaria Presidencial de la Mujer (SEPREM)  y pertenece a la Red de Mujeres del Departamento de Jutiapa, la cual está conformada  por una coordinador y subcoordinadora municipal,  y tiene 21 comunidades con la red.

•  Juzgado de Paz.
• Correos de Guatemala.

Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009

•  El Centro de Tecnología y Reflexión para la Salud (CETREPSA).
•  Asociación de Desarrollo y Capacidad Integral (ADECI), su única función es prestadora de servicios de salud del Ministerio de Salud Pública y Asistencia social, cuenta con 3 personas (enfermera ambulatoria, auxiliar de enfermería  y asistente de información)

Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009

•  TELGUA (Comunicaciones),
• Distribuidora de Energía Eléctrica de Oriente,
• Sociedad Anónima (DEORSA)
• Empresarios de Transporte en pequeño

Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009

Fuente: Alcaldía municipal de Conguaco, Entrevista directa en cada Iglesia. (2012).

• Comisión de Seguridad Alimentaria y Nutricional (COMUSAN) conformado por Representantes de la Municipalidad, Organismos Gubernamentales y No Gubernamentales
• Consejos Comunitarios de Desarrollo (COCODES).
• Asociación femenina de impulsadoras de desarrollo

Fuente: SESAN, Matriz para Sala situacional del Departamento de Jutiapa, Guatemala 2010. Listado de Grupos Organización del Departamento de Jutiapa.

Corredor Tecnológico de Guatemala y el Corredor Interoceánico de Guatemala. Está constituido por 44 municipalidades organizadas 9 mancomunidades de los departamentos del nororiente y oriente de Guatemala (Jutiapa, Jalapa, Chiquimula, Zacapa, El Progreso e Izabal). Entre las Mancomunidades socias se encuentra La Mancomunidad El Pacífico, a la cual pertenece el Municipio de Conguaco.

 La participación de los municipios de la Mancomunidad El Pacífico es en calidad de socios, en una alianza público-privada desde lo local que tiene como propósito fortalecer la gestión integral del desarrollo local sostenible y sustentable, en un marco de democratización y participación ciudadana, diálogo y consenso social.

Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009

El proceso de participación ciudadana se lleva a cabo a través de Cabildos Abiertos en donde asisten los líderes y demás miembros de las comunidades que forman parte de Aldeas y caseríos.

El Alcalde y su Concejo realizan reuniones mensuales de consulta con los líderes y miembros de las comunidades para identificar y resolver problemas relacionados con el desarrollo comunal y local, dichas necesidades son actualizadas e introducidas al Plan de Desarrollo Municipal para la respectiva formulación y gestión de proyectos.  Sin embargo estos procesos cuentan con debilidades lo que hace necesario fortalecer las oficinas municipales, el concejo municipal, el sistema de consejo de desarrollo y la participación ciudadana.

Según el mandato del Código Municipal, las Comunidades Organizadas participan en la fiscalización de las actividades y programas que ejecuta el Concejo Municipal; esto se logra a través de la participación de miembros de las comunidades en las Juntas del Concejo Municipal.

Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009

Comité Municipal de Emergencia (COE), conformado por municipalidad, Coordinación Nacional para la Reducción de desastres (CONRED), y las instituciones del sistema de enlace gubernamentales como Ministerio de Salud, MAGA, SESAN , educación, CAMINOS, COCODES, etc  que a su vez son coordinadas de los niveles centrales y Departamentales  y del COE Departamental dirigido por el Gobernador.

Así mismo se forman subcomisiones de Albergues, búsqueda y rescate, Seguridad Alimentaria y Nutricional y Abastecimiento y manejo de agua, vías de acceso,  ayuda humanitaria, salud, seguridad, evacuación.

 Fuente: Municipalidad de Conguaco. Modelo de Desarrollo Territorial Actual, Departamento de Jutiapa municipio de Conguaco, 2009